Dopo l’invasione normanna lasciò la vita monastica e si trasferì in Scozia, divenendo uno studioso itinerante. Si stabilì infine nell’abbazia di Molesme in Borgogna, sotto l’abate San Roberto di Molesme.
Stefano Harding fu una delle figure più significative dei primi decenni della storia cistercense. Viaggiò in Francia, a Parigi, per completare gli studi, e a Roma in un pellegrinaggio penitenziale accompagnato da un giovane chierico, prima di rientrare nella vita monastica a Molesme. In seguito, partì con i fondatori del Nuovo Monastero di Citeaux
Dal 1108 al 1133, periodo della prima espansione cistercense, prestò servizio come abate e, secondo alcuni, fu il vero genio formativo dietro l’Ordine cistercense.
Di ritorno da Roma, verso l’Inghilterra, si fermò nell’abbazia di Molesme, dove conobbe l’abate benedettino Roberto di Molesme, che cercava di riformare lo spirito cluniacense, considerato ormai poco vicino all’ispirazione monastica benedettina.
Egli aveva fondato, in un clima di particolare austerità, proprio a Molesme nel 1075 il monastero. Questa caratteristica attirò l’interesse del giovane Stefano, che decise di fermarsi.
Con il tempo, la prosperità economica e le numerose filiazioni dell’abbazia di Molesme allontanarono l’abate Roberto e altri monaci, tra cui Stefano, inducendoli a lasciare Molesme per fondare un nuovo monastero, più vicino ai principi originari.
Nel 1098, ottenuta l’approvazione dell’arcivescovo di Lione, Ugo, Roberto, Alberico e Stefano Harding fondarono un nuovo monastero a Cîteaux.
Durante il suo abbaziato, dal 1109 al 1133, avvenne l’ingresso a Cîteaux di San Bernardo, il quale, portando con sé molti parenti e amici, diede vita alla fondazione del nuovo monastero di Clairvaux.
L’opera di San Bernardo diede un impulso decisivo e grandioso all’Ordine cistercense, facendolo diventare in breve tempo il più grande ordine monastico del periodo.
Nel 1115, Stefano inviò gli statuti e gli usi del nuovo ordine a un gruppo di monache di Jully-les-Nonnains, presso Digione, dando così inizio al ramo femminile dell’Ordine cistercense.
Si occupò anche di scrivere la prima storia dell’Ordine, nell’opera intitolata Exordium Cisterciensis Coenobii.
Ebbe un ruolo importante nel dirimere i contrasti che si verificarono tra le diverse filiazioni. Esausto e infermo, nel 1133si dimise dalla carica di abate.
Morì il 28 marzo 1134 a Cîteaux, dove fu sepolto nella chiesa abbaziale accanto al suo predecessore Alberico. Le loro tombe furono poi spostate con la costruzione della nuova chiesa.
Alla sua morte, l’Ordine contava settanta monasteri diffusi in tutta Europa.
